時(shí)光荏苒，轉(zhuǎn)眼又至年終歲尾，百邁客秉承一貫理念，在高通量測(cè)序領(lǐng)域深耕多年，致力于提供高質(zhì)量的科研服務(wù)。在這一年，百邁客微生物事業(yè)部也取得了振奮人心的成果。拒不完全統(tǒng)計(jì)，22年微生物成功案例230+，累計(jì)影響因子1700+，平均單篇文章影響因子7分以上；9分以上高水平文章60+；基于百邁客全長(zhǎng)微生物多樣性測(cè)序成功案例50+，累計(jì)影響因子360+，平均單篇7.2分。更有1篇Nature、2篇Microbiome國(guó)際知名期刊文章見刊。

接下來，讓我們一起來看看文章中的故事。

客戶單位：北京大學(xué)等

影響因子：69.502

組學(xué)方法：宏基因組

研究?jī)?nèi)容：吸煙與非酒精性脂肪肝（NAFLD）呈正相關(guān)，但這種關(guān)聯(lián)的潛在機(jī)制尚不清楚。在此研究中，揭示了尼古丁在腸道內(nèi)積累，并激活腸道AMPKα。研究發(fā)現(xiàn)腸道細(xì)菌Bacteroides xylanisolvens是一種有效的尼古丁降解菌。B. xylanisolvens的定植可以降低暴露于尼古丁的小鼠腸道尼古丁濃度，并且可以改善尼古丁加重的非酒精性脂肪肝的進(jìn)展情況。從機(jī)制上來說，AMPKα促進(jìn)鞘磷脂磷酸二酯酶3（SMPD3）的磷酸化，穩(wěn)定后者，從而增加腸道神經(jīng)酰胺的形成。該研究結(jié)果確立了腸道尼古丁積累在非酒精性脂肪肝進(jìn)展中的作用，并揭示了人類腸道中具有代謝尼古丁能力的一種內(nèi)源性細(xì)菌。這些發(fā)現(xiàn)也為減少吸煙加劇的非酒精性脂肪肝的進(jìn)展提供了可能的途徑。

合作單位：中國(guó)科學(xué)院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所

影響因子：16.837

組學(xué)方法：16S V3-V4，ITS1

研究?jī)?nèi)容：根際微生物組的組裝，受土壤條件的影響。此研究基于對(duì)三個(gè)野生稻自然保護(hù)區(qū)種群（即原位）和三個(gè)原位移植野生稻種群進(jìn)行了采樣測(cè)序，通過GJAM方法確定了構(gòu)成野生稻根際微生物組核心的共44個(gè)ASVs，包括屬于Actinobacteria門、Chloroflexi門、 Firmicutes門和Nitrospirae門的35個(gè)細(xì)菌ASVs和屬于Ascomycota門、Basidiomycota門和Rozellomycota門的9個(gè)真菌ASVs。屬于Haliangium、Anaeromyxobacter、Bradyrhizobium和Bacillus屬的9種核心細(xì)菌ASVs在原位移植野生稻的根際圈中比在原位野生稻的根際圈中更豐富。核心微生物組的主要生態(tài)功能是固氮、錳氧化、好氧化能異養(yǎng)、化能異養(yǎng)和鐵呼吸，表明核心根際微生物組在改善水稻生長(zhǎng)的營(yíng)養(yǎng)資源獲取方面的作用。核心根際微生物組的進(jìn)一步潛在利用應(yīng)考慮土壤性質(zhì)對(duì)不同屬豐度的影響。

客戶單位：北京航空航天大學(xué)

影響因子：16.837

組學(xué)方法：ITS1，qPCR

研究?jī)?nèi)容：中國(guó)月宮一號(hào)（LP1）是集高效植物栽培、動(dòng)物蛋白生產(chǎn)、尿氮回收、固體廢物生物轉(zhuǎn)化為一體的地面生物再生生命支持系統(tǒng)（BLSS）試驗(yàn)臺(tái)。迄今為止，還沒有基于分子方法的詳細(xì)調(diào)查BLSS棲息地中的真菌群落和霉菌毒素潛力。為了確保實(shí)際太空任務(wù)的安全BLSS設(shè)計(jì)，通過ITS1擴(kuò)增子測(cè)序和qPCR技術(shù)分析了月宮365項(xiàng)目期間LP1表面真菌組和霉菌毒素的潛力。與其他封閉的生境相比，LP1系統(tǒng)在真菌群落多樣性方面表現(xiàn)出明顯的差異，真菌的alpha多樣性更高，群落結(jié)構(gòu)也不同。由于不同居住群體的存在，LP1生境的表面真菌群落存在著明顯的差異。然而，在有不同居住者的植物艙中，真菌群落沒有明顯的差異。溯源分析顯示，LP1中的大部分表面真菌都來自于植物。不管居住者或地點(diǎn)的差異，霉菌毒素基因拷貝數(shù)沒有明顯差異。研究顯示，植物是表面真菌微生物組的關(guān)鍵來源；然而，居住者的更替會(huì)引起B(yǎng)LSS中表面真菌群落的重大擾動(dòng)。種植植物減少了真菌的波動(dòng)，保持了表面真菌微生物群的健康平衡和霉菌毒素的潛力。

客戶單位：青島大學(xué)

影響因子：16.744

組學(xué)方法：16S V3-V4，qPCR

研究?jī)?nèi)容：海水型廢水的特點(diǎn)是含有高濃度的土霉素（OTC）和鹽，這對(duì)傳統(tǒng)的生物脫氮過程是一個(gè)巨大的挑戰(zhàn)。由于海洋無氧菌（MAB）具有良好的耐鹽性，最近被用于從含鹽廢水中脫氮。本研究首次集中研究了OTC對(duì)MAB從基于海水的廢水中脫氮的影響，特別強(qiáng)調(diào)了抗生素抗性基因（ARG）的擴(kuò)散和群體感應(yīng)（QS）反應(yīng)。在低劑量的OTC（≤7 mg L-1）下，MAB具有良好的耐受性，總的脫氮效率保持在77%。當(dāng)OTC劑量達(dá)到22 mg L-1時(shí)，MAB的活性被明顯抑制。當(dāng)OTC劑量從0 mg L-1增加到22時(shí)，MAB的相對(duì)豐度從14.41%急劇下降到4.1%。相反，隨著OTC含量的增加，抗生素耐藥菌逐漸成為反應(yīng)器中的優(yōu)勢(shì)種群，同時(shí)伴隨著ARG相對(duì)豐度的增加?；贛AB的菌群對(duì)OTC毒性的耐受性因ARGs的高表達(dá)而增強(qiáng)。此外，更多的細(xì)胞外聚合物質(zhì)被分泌出來，以增強(qiáng)ammox顆粒對(duì)OTC毒性的耐受性，這被信號(hào)分子（3OC6-HSL）的大量釋放所促進(jìn)。此外，在OTC脅迫下，hdh和tetM的表達(dá)受到QS的調(diào)控，增強(qiáng)了基于MAB的菌群的耐受性。因此，沼氣團(tuán)對(duì)OTC的耐受性主要?dú)w因于增殖的ARG和活躍的QS。這項(xiàng)工作開發(fā)了MAB在基于海水的廢水處理中的巨大潛力。

客戶單位：南開大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院

影響因子：14.224

組學(xué)方法：宏基因組

研究?jī)?nèi)容：本研究調(diào)查了微藻生長(zhǎng)對(duì)抗生素去除的影響以及藻類-細(xì)菌顆粒污泥（ABGS）系統(tǒng)中抗生素耐藥基因（ARGs）/ ARGs宿主細(xì)菌的衰減。在四環(huán)素（TC）和磺胺嘧啶（SDZ）混合物（2-4 mg/L）的存在下，微藻可以在細(xì)菌顆粒污泥（BGS）上生長(zhǎng)，形成ABGS，葉綠素-a含量達(dá)到了7.68-8.13 mg/g-VSS。ABGS對(duì)TC和SDZ的去除率高達(dá)79.0%和94.0%，比BGS的去除率高4.3-5.0%。宏基因組分析表明，BGS中與TC/SDZ相關(guān)的ARG和移動(dòng)元件（MGEs）的相對(duì)豐度比ABGS中的高56.1%和22.1%。從顆粒中共檢測(cè)到26個(gè)ARG，它們被鑒定為與46個(gè)宿主細(xì)菌有關(guān)。26個(gè)ARG中的13個(gè)和46個(gè)宿主中的13個(gè)分別是和宿主共享的ARG。BGS中宿主細(xì)菌的總相對(duì)豐度比ABGS中的高30.8%。Scenedesmus和Chlorella是主要的微藻，可能會(huì)減少ARG宿主的多樣性?？偟膩碚f，ABGS是一種有前途的生物技術(shù)，用于含抗生素的廢水處理。

客戶單位：江蘇科技大學(xué)

影響因子：11.889

組學(xué)方法：全長(zhǎng) 16S

研究?jī)?nèi)容：通過在生物接觸氧化反應(yīng)器中使用玄武巖纖維（BF）生物載體，成功處理了鋰電池漿液廢水。結(jié)果顯示在12小時(shí)的HRT和0-1mg/L的溶解氧（DO）下，COD（93.3±0.5 %）和總氮（77.4±1.0 %）明顯減少。改進(jìn)后的Stover-Kincannon模型表明，R-BF的總脫氮率為4.462 kg/m3/d，而Monod模型中的底物最大比反應(yīng)速率（qmax）為0.323 mg-N/mgVSS/d。在生物巢內(nèi)建立了穩(wěn)定的內(nèi)部環(huán)境。微生物分類學(xué)分析顯示存在反硝化脫碳菌、異養(yǎng)硝化-好氧反硝化聯(lián)合菌、亞硝酸鹽氧化菌和氨氧化菌。功能分析顯示R-BF中與（有氧）化能異養(yǎng)、氮呼吸、硝酸鹽還原、亞硝酸鹽呼吸/反硝化和硝酸鹽相關(guān)的變化。該研究提出了一種在低C/N條件下實(shí)現(xiàn)鋰漿廢水處理的反硝化的新方法。

客戶單位：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)

影響因子：10.753

組學(xué)方法：16S V3-V4，LC-MS

研究?jī)?nèi)容：微塑料（MPs）在生物體中的廣泛存在和積累已使它們被認(rèn)為是一個(gè)重大的全球生態(tài)問題。有很多關(guān)于MP如何影響水生物種的生理和行為的數(shù)據(jù)，但MPs對(duì)家禽的影響知之甚少。因此，本研究旨在探討MPs暴露對(duì)于雞健康的不良影響和機(jī)制。結(jié)果表明，MPs暴露會(huì)降低雞的生長(zhǎng)性能和抗氧化能力，損害雞的腸、肝、腎和脾臟。此外，暴露于MPs的雞的腸道微生物群顯示出α多樣性的顯著降低，伴隨著分類組成的顯著變化。微生物分類學(xué)研究表明，接觸MPs導(dǎo)致11個(gè)屬相對(duì)比例顯著增加，3個(gè)門和52個(gè)屬相對(duì)比例明顯下降。在減少的細(xì)菌類群中，有11個(gè)屬甚至在暴露于MPs的雞的腸道微生物群中無法檢測(cè)到。 代謝組學(xué)分析表明，鑒定出2561種（1190種上調(diào)，1371種下調(diào)）差異代謝產(chǎn)物，主要參與5種代謝途徑，包括D-氨基酸代謝、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、維生素消化吸收、礦物質(zhì)吸收和組氨酸新陳代謝。綜上所述，這項(xiàng)研究表明，MPs暴露通過擾亂腸道微生物穩(wěn)態(tài)和腸道代謝，導(dǎo)致雞的不良健康。這項(xiàng)研究還為世界各地的環(huán)境機(jī)構(gòu)提供了動(dòng)力，以規(guī)范塑料制品的應(yīng)用和處置，并減少環(huán)境污染。

客戶單位：中國(guó)科學(xué)院南海海洋研究所

影響因子：9.043

組學(xué)方法：細(xì)菌全長(zhǎng) 16S，古菌全長(zhǎng)16S

研究?jī)?nèi)容：深海冷泉是由流體攜帶的碳?xì)浠衔锞S持生產(chǎn)力的生態(tài)系統(tǒng)之一。一旦流體停止，繁榮的自養(yǎng)群落就會(huì)消亡，被稱為絕跡冷泉。但異養(yǎng)生物群甚至可以存活數(shù)千年。原核生物在活躍冷泉中的關(guān)鍵作用已明確，但迄今為止人們對(duì)它們?cè)诮^跡冷泉中的功能知之甚少。此研究闡明了南海海馬冷泉已絕跡冷泉地點(diǎn)沉積物原核生物的多樣性、分類特異性、種間相關(guān)性和代謝特征。與活躍冷泉相比，已絕跡冷泉的古菌α多樣性顯著增加，而細(xì)菌的α多樣性保持不變。然而，基于加權(quán)層面，古菌組成在活躍或非活躍位點(diǎn)的絕跡冷泉處沒有顯著差異，而細(xì)菌組成表現(xiàn)出顯著差異。古菌和細(xì)菌的分布在已絕跡的冷泉中表現(xiàn)出明顯的特異性，表明了這里獨(dú)特的生命特征。原核生物可能在無機(jī)碳、硫和氮的循環(huán)中以化學(xué)自養(yǎng)方式生活，或在碳?xì)浠衔锏难h(huán)中以化學(xué)有機(jī)體營(yíng)養(yǎng)的方式生活。值得注意的是，許多已絕跡的冷泉特定物種和網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵譜系被歸類為變形桿菌。關(guān)于該分支的功能多樣性和代謝靈活性，變形桿菌被認(rèn)為整合了地球化學(xué)循環(huán)，并在絕跡冷泉微生物組的能量和資源補(bǔ)充中發(fā)揮關(guān)鍵作用?？偟膩碚f，研究結(jié)果揭示了已絕跡冷泉中的微生物生態(tài)學(xué)和功能多樣性，為流體停止后的生物地球化學(xué)循環(huán)提供了新的理解。