自2023年6月，百創(chuàng)時(shí)空技術(shù)第一篇文章見(jiàn)刊至今19個(gè)月內(nèi)，使用百創(chuàng)時(shí)空技術(shù)文章累計(jì)33篇，在線文章平均影響因子12+，涉及哺乳動(dòng)物（含人鼠）、水生（淡水及海洋）、禽類(lèi)、兩棲、林木、作物及蔬菜等26個(gè)物種，25個(gè)組織類(lèi)型，涵蓋腫瘤研究、疾病機(jī)制、再生、進(jìn)化、發(fā)育、綜述建議及技術(shù)算法等領(lǐng)域。

 

部分文章展示

1.腫瘤研究

中文題目：整合分子和空間分析揭示原位和侵襲性肢端黑色素瘤的進(jìn)化動(dòng)態(tài)和腫瘤免疫相互作用

發(fā)表期刊：Cancer Cell

發(fā)表年份：2024

影響因子：48.8

DOI號(hào)：10.1016/j.jhazmat.2025.137375

文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、WES、Multi-region sequencing、Bulk RNA seq、10X Chromium、CODEX

樣本類(lèi)型：人原位黑色素瘤（AMis）和侵襲性黑色素瘤（iAM）的腫瘤組織，相鄰正常皮膚，外周血

文章簡(jiǎn)介：

為在空間水平探究 APOE+CD163+ 巨噬細(xì)胞亞群與 EMT 腫瘤細(xì)胞的互相作用，研究人員利用百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)對(duì)10例 AM 樣本進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)（數(shù)據(jù)中能夠明確區(qū)分表皮的基底層、棘層、顆粒層以及汗腺和血管，腫瘤區(qū)域高表達(dá)黑色素基因MLANA、PMEL、TYPR?和 DCT）。

數(shù)據(jù)表明（與單細(xì)胞數(shù)據(jù)聯(lián)合分析）C3 亞型的 EMT 腫瘤細(xì)胞占比高，并且有 APOE+CD163+ 巨噬細(xì)胞的浸潤(rùn)，巨噬細(xì)胞與 EMT 腫瘤細(xì)胞具有共定位特征。CellChat 互作分析驗(yàn)證了 APOE+CD163+ 巨噬細(xì)胞的高度受體配體互作，與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組結(jié)果高度一致（APOE+/CD163+ 巨噬細(xì)胞是空間中 IGF 通路網(wǎng)絡(luò)的發(fā)送者（sender）和影響者（Influencer））。使用空間單細(xì)胞蛋白組學(xué)對(duì)患者腫瘤免疫微環(huán)境進(jìn)行了深入分析，結(jié)果顯示APOE+CD163+ TAM和EMThigh腫瘤細(xì)胞存在高度相關(guān)的定位，這與空間轉(zhuǎn)錄組的結(jié)果一致。

 

2.疾病機(jī)制

中文題目：單細(xì)胞RNA測(cè)序研究全氟辛酸誘導(dǎo)的小鼠胚胎著床損傷

發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials

發(fā)表年份：2025

影響因子：12.2

DOI號(hào)：https://doi.org/10.1073/pnas.2310163120

文章采用技術(shù)：BMKMANU DG1000、Bulk RNA seq、LC-MS/MS

樣本類(lèi)型：鼠子宮

文章簡(jiǎn)介：

全氟辛酸（PFOA）是一種環(huán)境持久性化學(xué)物質(zhì)，對(duì)人類(lèi)健康構(gòu)成顯著風(fēng)險(xiǎn)。研究表明PFOA會(huì)影響女性生殖，但其對(duì)子宮內(nèi)膜容受性和潛在機(jī)制的具體影響尚不清楚。

該研究通過(guò)小鼠模型，研究了低劑量PFOA暴露對(duì)子宮內(nèi)膜容受性的影響。結(jié)果表明，PFOA暴露顯著損害了子宮內(nèi)膜容受性，導(dǎo)致胚胎著床率顯著下降。利用單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)，研究者全面分析了PFOA破壞子宮內(nèi)膜上皮細(xì)胞功能和發(fā)育的具體機(jī)制。值得注意的是，研究者發(fā)現(xiàn)ANGPTL（血管生成素樣）信號(hào)通路失調(diào)，這一通路對(duì)于子宮內(nèi)膜基質(zhì)細(xì)胞和上皮細(xì)胞之間的通信至關(guān)重要，最終導(dǎo)致胚胎著床失敗。這些發(fā)現(xiàn)為PFOA的生殖毒性提供了新的見(jiàn)解，并強(qiáng)調(diào)了針對(duì)環(huán)境污染物相關(guān)不孕癥治療干預(yù)的潛在靶點(diǎn)。

 

3.再生研究

中文題目：空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示番茄愈傷組織芽再生的分子機(jī)制

發(fā)表期刊：PNAS

發(fā)表年份：2023

影響因子：10.1

DOI號(hào)：https://doi.org/10.1073/pnas.2310163120

文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、10X Visium、10X Chromium

樣本類(lèi)型：番茄愈傷組織

文章簡(jiǎn)介：

該研究首次揭示了番茄愈傷組織內(nèi)部細(xì)胞的異質(zhì)性，并在單細(xì)胞水平上詳細(xì)解析了激素信號(hào)和重要調(diào)控因子在各種細(xì)胞和組織中的表達(dá)情況。研究結(jié)果不僅發(fā)現(xiàn)了表皮和芽原基細(xì)胞的亞型和功能，還揭示了綠色組織（chlorenchyma）細(xì)胞在芽原基細(xì)胞位置和分化發(fā)展中的重要作用，以及光照如何通過(guò)促進(jìn)綠色組織細(xì)胞的發(fā)育和激活雷帕霉素靶蛋白TOR來(lái)推動(dòng)芽再生過(guò)程。

 

4.綜述建議

中文題目：系統(tǒng)比較基于測(cè)序的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

發(fā)表期刊：Nature Methods

發(fā)表年份：2024

影響因子：36.1

DOI號(hào)：?10.1038/s41592-024-02325-3

文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、Visium、Slide-seq V2、Salus、DynaSpatial、DBiT-seq、PIXEL-seq、Slide-tag、Curio Seeker、HDST、In situ hybridization

樣本類(lèi)型：小鼠胚胎（眼球）、成年小鼠大腦（海馬）、小鼠嗅球

文章簡(jiǎn)介：

空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（sST）技術(shù)使得在組織水平上測(cè)量基因表達(dá)的空間分布成為可能。然而，目前對(duì)于不同sST平臺(tái)的系統(tǒng)性比較研究還較為缺乏，技術(shù)之間的差異和數(shù)據(jù)集的多樣性給標(biāo)準(zhǔn)化評(píng)估指標(biāo)的制定帶來(lái)了挑戰(zhàn)。

該研究建立了一套具有明確組織學(xué)結(jié)構(gòu)的參考組織和區(qū)域，并利用這些參考組織生成數(shù)據(jù)，比較了11種sST方法。研究發(fā)現(xiàn)，分子擴(kuò)散是不同方法和組織之間的變量參數(shù)，顯著影響有效分辨率。

此外，空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)展示了單細(xì)胞數(shù)據(jù)所不具備的獨(dú)特屬性，例如增強(qiáng)捕獲模式化稀有細(xì)胞狀態(tài)及其特定標(biāo)記物的能力，盡管這種能力受到測(cè)序深度和分辨率等多種因素的影響。該研究為生物學(xué)家選擇sST平臺(tái)提供了指導(dǎo)，有助于促進(jìn)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)的共識(shí)形成，并為未來(lái)基準(zhǔn)測(cè)試工作建立框架，可作為開(kāi)發(fā)和評(píng)估空間轉(zhuǎn)錄組分析計(jì)算工具的黃金標(biāo)準(zhǔn)。

5.發(fā)育研究

中文題目：組織學(xué)和單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組分析揭示玉米莖葉枕發(fā)育中韌皮纖維細(xì)胞的特化功能和調(diào)控葉片角度的關(guān)鍵因子

發(fā)表期刊：Molecular Plant

發(fā)表年份：2024

影響因子：27.5

DOI號(hào)：10.1016/j.molp.2024.05.001

文章采用技術(shù)：BMKMANU DG1000、Bulk RNA seq、Chip-seq、RNA原位雜交、CRISPR/Cas9

樣本類(lèi)型：玉米莖葉

文章簡(jiǎn)介：

葉片角度（Leaf Angle, LA）是影響玉米種植密度和產(chǎn)量的關(guān)鍵因素。然而，調(diào)控葉片角度形成的機(jī)制尚不清楚。該研究通過(guò)對(duì)不同玉米自交系的莖葉枕區(qū)域進(jìn)行比較組織學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)葉片角度大小顯著受到莖葉枕上表皮韌皮纖維細(xì)胞（SC）的初始伸長(zhǎng)和隨后的木質(zhì)化的影響。通過(guò)批量和單細(xì)胞核RNA測(cè)序，生成了莖葉枕區(qū)域的全面轉(zhuǎn)錄組圖譜，并鑒定了許多可能影響其特化為SC的下皮細(xì)胞富集基因。

此外，研究者功能驗(yàn)證了兩個(gè)編碼非典型bHLH轉(zhuǎn)錄因子的基因bHLH30及其同源基因bHLH155，它們?cè)谏扉L(zhǎng)的上表皮細(xì)胞中高表達(dá)。遺傳分析表明，bHLH30和bHLH155正向調(diào)控葉片角度的擴(kuò)張，分子實(shí)驗(yàn)表明它們能夠激活細(xì)胞伸長(zhǎng)和SC木質(zhì)化相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄。這些發(fā)現(xiàn)突出了莖葉枕上表皮SC在通過(guò)限制莖葉枕細(xì)胞的進(jìn)一步延伸和增強(qiáng)機(jī)械強(qiáng)度來(lái)調(diào)控葉片角度方面的特化功能。莖葉枕區(qū)域的單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組圖譜不僅加深了研究者對(duì)葉片角度調(diào)控的理解，還為現(xiàn)代玉米育種中優(yōu)化植物結(jié)構(gòu)提供了許多潛在靶點(diǎn)。

6.技術(shù)算法

中文題目：利用基于膜的邊界定義和提高單細(xì)胞分辨率來(lái)提高空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)

發(fā)表期刊：Small Methods

發(fā)表年份：2025

影響因子：15.36

DOI號(hào)：?10.1002/smtd.202401056

文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、scRNA-seq

樣本類(lèi)型：小鼠（腦、腸和肝），球墨西哥鈍口螈（腦、腸和肝）

文章簡(jiǎn)介：

準(zhǔn)確界定細(xì)胞邊界是空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Spatial Transcriptomics, ST）的技術(shù)難題。目前常用的方法是基于細(xì)胞核染色或數(shù)學(xué)推導(dǎo)，這些方法要么排除了細(xì)胞質(zhì)，要么只能確定假設(shè)性的邊界。

該研究提出了一種新的細(xì)胞邊界定義方法：利用基因編碼的熒光蛋白對(duì)細(xì)胞膜進(jìn)行標(biāo)記，從而能夠在組織切片上精確定位細(xì)胞內(nèi)的測(cè)序位點(diǎn)和轉(zhuǎn)錄本。與基于細(xì)胞核的方法相比，這種基于細(xì)胞膜的方法顯著增加了捕獲的基因數(shù)量，小鼠和墨西哥鈍口螈肝臟中基因數(shù)量分別增加了67%和119%。

此外，該方法獲得的表達(dá)譜與單細(xì)胞 RNA 測(cè)序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)更為一致，顯示出更合理的聚類(lèi)和明顯的細(xì)胞類(lèi)型特異性標(biāo)記。該方法還提高了單細(xì)胞分辨率，能夠更好地識(shí)別稀有細(xì)胞類(lèi)型并詳細(xì)解析墨西哥鈍口螈大腦和腸的空間域。除了常規(guī)細(xì)胞外，該方法還能夠準(zhǔn)確識(shí)別小鼠肝臟中的多核細(xì)胞和無(wú)核細(xì)胞，展示了其分析復(fù)雜組織和器官的能力，這是以往方法無(wú)法實(shí)現(xiàn)的。該研究為改善空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)提供了一種強(qiáng)大的工具，具有廣泛應(yīng)用于生物學(xué)和醫(yī)學(xué)科學(xué)的潛力。

7.進(jìn)化研究

中文題目：追蹤空氣鳳梨從陸地到空中生態(tài)位的進(jìn)化和遺傳足跡

發(fā)表期刊：Nature Communications

發(fā)表年份：2024

影響因子：14.919

DOI號(hào)：10.1038/s41467-024-53756-7

文章采用技術(shù)：BMKMANU S1000、Stereo-seq、SMART-seq、16S rRNA測(cè)序、全基因組重測(cè)序、基因組組裝

樣本類(lèi)型：空氣鳳梨亞科植物

文章簡(jiǎn)介：

該研究以鳳梨科的空氣鳳梨亞科為模型植物，探索其起源、進(jìn)化和多樣性。通過(guò)基于核轉(zhuǎn)錄組序列的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析，發(fā)現(xiàn)核心空氣鳳梨起源于約1130萬(wàn)年前的安第斯山脈。安第斯山脈的地質(zhì)抬升推動(dòng)了空氣鳳梨向儲(chǔ)水型和空氣型的分化。基因組和轉(zhuǎn)錄組分析揭示了與儲(chǔ)水型和吸收性毛狀體等適應(yīng)性特征相關(guān)的基因變異和丟失。此外，研究還發(fā)現(xiàn)了空氣鳳梨葉表皮中特定的固氮細(xì)菌群落，可能是其獲取氮素的潛在來(lái)源。該研究為理解空氣鳳梨對(duì)空中生態(tài)位的適應(yīng)性進(jìn)化提供了多組學(xué)視角。

在短短19個(gè)月間，百創(chuàng)時(shí)空技術(shù)已在科研領(lǐng)域綻放出耀眼光芒，見(jiàn)刊文章數(shù)量穩(wěn)步增長(zhǎng)，影響因子成績(jī)斐然，研究范圍橫跨多物種與多組織類(lèi)型，領(lǐng)域覆蓋更是廣泛而深入。這不僅是對(duì)百創(chuàng)時(shí)空技術(shù)先進(jìn)性與實(shí)用性的有力證明，也為眾多科研工作者開(kāi)辟了新的研究路徑。未來(lái)，百創(chuàng)時(shí)空技術(shù)會(huì)持續(xù)創(chuàng)新突破，在更多未知領(lǐng)域開(kāi)疆拓土，助力科研成果不斷涌現(xiàn)，為推動(dòng)生命科學(xué)進(jìn)步與技術(shù)革新貢獻(xiàn)更為強(qiáng)大的力量！?